日本硕士留学通常不是完全免学费，但存在多种学费减免政策和奖学金项目，具体情况如下：
学费减免政策
- 国公立大学
- 一般分为三档，即不免、50%减免或者100%全免。通常情况下，申请到50%减免的情况居多，比如国公立大学一年53万日元左右的学费，常见减免一半。不过也有一些运气好或有特殊情况的学生能申请到全免，但比例较少。一些位置偏、留学生少或惯例风格独特的国公立大学，全额减免的情况相对多一些。
- 私立大学
- 学费减免幅度在20%-100%之间，但申请难度较大，能申到全免的情况很少，一般以30%减免居多。一些靠外国留学生维持运营或排名较低、人气不高的私立大学，优惠力度可能会大一些。
奖学金政策
- 日本政府（文部科学省）奖学金
- 即mext奖学金，是日本政府所能提供的最高全额奖学金，获得后身份就会变成“国费留学生”，不仅免除大学全部学费（包含入学检定费、入学金及学费等），还提供一次往返机票以及三到四年的生活费，根据申请对象不同大约在11.7万日元/月-24.2万日元/月。
- 日本学生支援机构（JASSO）奖学金
- 招收留学生促进计划（文部科学省外国留学生学习奖励费），大学及以上每月4.8万日元，时效为一年。申请对象为日本的大学、大学院等的在籍自费外国留学生，需要入学后通过在读日本大学申请，要求每月平均生活费不能超过9万日元等。
- 海外留学支援制度（协定承诺）奖学金，适用于通过海外合作校赴日留学的修士或博士生，发放金额为8万日元/月。
- 地方自治体及关联国际交流团体奖学金
- 由26个地方自治体以及37个地方国际交流团体提供，几乎涵盖全日本，发放金额1万日元/年-96万日元/年不等，申请对象为高中至博士在籍留学生，需向日本地方政府及国际交流相关团体提交申请。
- 民间奖学团体的奖学金
- 由民间企业或者民间奖学金团体支付，针对特定学校、特定专业的学生，也有以交流为目的面向对象国或地区的学生，发放金额36万日元/年-240万日元/年不等，部分还会有学费、研究费、回国机票等奖励。
- 学校奖学金
- 所有大学基本都有设置自己学校开办的奖学金，金额从10万-100万日元不等。