清华博士去日本留学一般有以下步骤：
前期准备
确定研究方向 ：结合自己在清华的研究基础和兴趣，进一步明确在日本想要深入研究的具体方向，同时了解该领域在日本的研究现状和前沿动态。
选择学校与导师 ：
筛选学校 ：综合考虑学校的综合排名、专业实力、学术资源等因素，挑选出合适的日本高校，如东京大学、京都大学、大阪大学等。
联系导师 ：通过查阅学术期刊、参加学术会议等方式，寻找与自己研究方向匹配的日本导师。主动与导师邮件联系，说明自己的学术背景、研究兴趣和留学意愿，附上个人简历、研究计划等材料，争取得到导师的认可和支持。
准备申请材料 ：
学术材料 ：准备中英文对照的清华博士学位证书、毕业证书、成绩单，需加盖学校公章；提供个人陈述，阐述留学动机、研究计划、未来职业规划等；准备 2-3 封推荐信，推荐人最好是清华的导师或教授，能对自己的学术能力和个人品质进行客观评价。
语言材料 ：文科专业一般建议有 N1 证书，理科专业至少要有 N2 证书；部分学校和专业可能还需要提供托福、雅思等英语成绩。
其他材料 ：准备身份证、户口本复印件，以及能证明经济能力的银行存款证明等材料。
申请阶段
提交申请 ：按照日本学校的要求，在规定时间内通过线上或线下方式提交申请材料。有些学校可能还需要缴纳申请费。
参加面试 ：部分学校和导师会安排面试，可能通过视频或现场面试的方式进行，考察专业知识、研究计划、日语或英语水平等。
录取与签证办理
等待录取 ：提交申请和完成面试后，耐心等待学校的录取通知，这个过程可能需要数周甚至数月。
办理签证 ：
获取在留资格认定证明书 ：收到录取通知书后，学校一般会协助申请 “在留资格认定证明书”，将所需材料递交到日本的入管局，审核时间约 3 个月。
申请留学签证 ：取得在留资格认定证明书后，向驻当地日本大使馆或领事馆申请留学签证，需找指定代办机构办理，按要求准备签证申请表、护照、户口本复印件等材料。
行前准备
了解日本文化 ：学习一些基本的日语口语表达和日本的文化习俗、礼仪规范等，以便更好地适应当地生活。
安排住宿 ：可以选择申请学校宿舍，也可以通过房屋中介等渠道在校外租房，提前确定好住宿安排。
购买机票 ：提前关注机票价格，预订合适的航班，确保按时到达日本。