日本博士留学通常是需要学费的，但在一些特定情况下可以减免或无需缴纳学费，具体如下：
通常情况下的学费标准
- 国公立大学：报考费约3万日元（折合人民币约1467元）；入学金约28.2万日元（折合人民币约1.38万元）；每年的授课费约53.58万日元（折合人民币约2.62万元/年）。
- 私立大学：报考费约3.5万日元（折合人民币约1711元）；入学金约30万日元（折合人民币约1.47万元）；文科类专业的授课费约80万日元/年（折合人民币约3.91万元/年），理工科专业约为120万日元/年（折合人民币约5.87万元/年）。
学费减免或无需缴纳的情况
- 获得特定奖学金：如日本文部科学省提供的“日本（文部科学省）留学生奖学金”等，获得此类奖学金的学生可能会免学费，且每月有固定的生活费补贴。
- 申请到特定项目：如“GakushinDC”项目，会基于学生的研究提案等择优向部分博士学生提供资助。
- 学校政策：一些国公立大学会对成绩优异或有特殊研究潜力的学生，免除一半甚至全部学费。像索科大学（SOKEN-DAI）和冲绳科学技术大学院大学（OIST）等，有类似美国的5年一贯制博士项目，会为录取的学生提供奖学金，覆盖学费并提供生活津贴。