在林州初中保留学籍档案主要有以下几种情况及相应的办理方式：
休学保留学籍 ：
了解条件 ：学生因疾病或其他不可抗力原因需要休息（如伤病需长期治疗、患病传染性疾病未愈不适宜集体生活、学期内请病事假累计超过六周跟班学习有困难等），家庭等原因需要离开学校一段时间等情况可申请休学。
准备材料 ：准备好区（市）级以上医院的原始病历、诊断证明、缴费凭证和医院建议休学证明等相关材料 。
提出申请 ：学生或家长向学校提出休学书面申请，填写休学申请表 。
学校审批 ：学校审查学生提交的材料，确认符合休学条件后，报上级教育主管部门批准。学校批准后会为学生开具休学证明，此时学籍保留 。
借读保留学籍 ：
确认需求 ：学生因特殊原因需到其他学校短期就读，但仍希望保留原学校学籍，可申请借读。
办理手续 ：向原学校提出借读申请，经原学校同意后，按学校要求填写借读申请表等相关材料。原学校会在借读期间保留学生的学籍 。
其他特殊情况保留学籍 ：如学生因应征入伍等原因需要保留学籍，应根据相关规定提供入伍通知书等证明文件，向学校提出申请，经学校和相关部门审批通过后可保留学籍 。