部队保留学籍的申请因入伍时身份不同而流程有所不同，主要分为高校新生和高校在校生两种情况，具体如下：
高校新生
- 个人填写申请表：入伍高校新生持高校录取通知书、身份证（户口簿）、高中毕业证以及一寸照片2张，到入伍地县（市、区）人民政府征兵办公室领取并填写《应征入伍普通高等学校录取新生保留入学资格申请表》一式两份。新生本人因故不能前往办理的，可以委托其他人持上述证明材料及受委托人身份证代为办理。
- 征兵办盖章确认并寄送至学校：征兵办汇总本辖区所有入伍高校新生的《保留入学资格申请表》，加盖公章，并将其连同《入伍通知书》复印件寄送至相关高校招生部门。
- 学校确认并保留学籍：高校收到入伍高校新生的《保留入学资格申请表》和《入伍通知书》复印件后，依法依规审核录取资格，在中国高等教育学生信息网学生个人信息中标注“参军入伍”；在《保留入学资格申请表》上加盖公章，并出具《保留入学资格通知书》；《保留入学资格申请表》一份由学校留存备案，一份交征兵办备案；《保留入学资格通知书》交入伍高校新生或委托人保管。
高校在校生
- 提交申请材料：学生通常需持书面申请和《入伍通知书》到所在系部填写休学申请表。
- 系部审核：所在系部对学生的申请及相关材料进行审核，确认无误后提交至教务处。
- 教务处及学院审批：教务处进行审批，并上报分管院长，由分管院长签署意见。
- 完成学籍标注及通知：教务处标注学籍异动，并发保留学籍通知给相关系和部门，同时发给学生《准予保留学籍通知书》，用于办理离校手续和复学手续。班主任将学生学籍档案移交教务处，学生持《准予保留学籍通知书》到相关部门办理离校手续。